W 1588 roku Carmagnola przeszła w ręce Księstwa Sabaudii, kiedy to Karol Emanuel I odebrał ją Francuzom po oblężeniu, ci jednak odzyskali miasto w XVII wieku, podczas wojny domowej pomiędzy frakcjami principisti i madamisti. W tym okresie (1637-1642), w czasie odczuwalnych jeszcze skutków zarazy z 1630, trzy duże wsie położone w pobliżu murów miejskich, zostały zniszczone, ponieważ znajdowały się w takim położeniu, że zagrażały skuteczności obronnej. Odbudowano je od razu około półtora kilometra od ufortyfikowanego centrum, gdzie znajdują się do dziś. W 1690 miasto zostało zajęte przez francuskiego generała Nicolasa de Catinata i zdewastowane, ale już w 1691 Wiktor Amadeusz II ostatecznie przyłączył je do Księstwa Sabaudii.
Wkrótce fortyfikacje zostały zburzone, a rola strategiczno-wojskowa miasta malała. Rozwijało się rolnictwo i handel, w tym uprawa konopi na potrzeby włoskiej marynarki wojennej (żagle i liny). Konopie eksportowano też do Francji. Proces industrializacji po II wojnie światowej spowodował głęboką transformację gospodarczą i społeczną miasta.