Zbigniewem Przybyszewskim, kmdr Stanisławem Mieszkowskim, kmdr Jerzym Staniewiczem, kmdr por. Kazimierzem Kraszewskim, kmdr por. Wacławem Krzywcem i kmdr Marianem Wojcieszkiem. Wyrokiem orzeczonym 21 lipca 1951 został skazany na karę śmierci, utratę praw publicznych i obywatelskich oraz przepadek mienia. Prezydent Bierut decyzją z 19 listopada 1952 skorzystał z prawa łaski i zamienił mu (oraz Wojcieszkowi) karę śmierci na karę dożywotniego pozbawienia wolności. Celę śmierci opuścił dopiero 12 grudnia 1952. Następnie przewieziono go bardzo ciężkiego więzienia we Wronkach. Na wolność wyszedł w kwietniu 1956 – po 5 latach i 3 miesiącach uwięzienia. Wynikało to z ponownego rozpatrzenia sprawy przez NSW, który w postępowaniu 24 kwietnia 1956 stwierdził niewinność wszystkich oskarżonych komandorów i uchylił wyrok z lipca 1951, co oznaczało rehabilitację Kasperskiego.
Śledztwo i pobyt w więzieniu odbiły się bardzo negatywnie na jego zdrowiu, stwierdzono u niego m.in. zwyrodnienie mięśnia sercowego, przewlekły gościec stawowy (reumatoidalne zapalenie stawów), chorobę nadciśnieniową, chorobę dwunastnicy.