12 października tego roku, w związku z utworzeniem Dowództwa Floty, powierzono mu stanowisko szefa Sztabu Dowództwa Floty, które pełnił do chwili aresztowania w 1951 r.
Uwięzienie i „proces komandorów” thumb|Grób komandora porucznika Roberta Kasperskiego znajdował się początkowo na cmentarzu w Gdańsku Nowym Porcie W dniu 5 lutego 1951 Robert Kasperski został niespodziewanie aresztowany przez oficerów Głównego Zarządu Informacji (tzw. Informacji Wojskowej) MON jako trzeci oficer z tzw. grupy „siedmiu komandorów (spisek komandorów)”. Poddano go długotrwałemu i bardzo brutalnemu śledztwu. Przez 17 miesięcy był przesłuchiwany i poddawany nieludzkim torturom fizycznym i moralnym w podziemiach siedziby Informacji w Warszawie. Mimo tego do niczego się nie przyznał i nie obciążał zeznaniami nikogo innego. W lipcu 1952 był sądzony przed Najwyższym Sądem Wojskowym w sfingowanym procesie „o spisek przeciwko władzy ludowej” (w akcie oskarżenia stwierdzano m.in. że kmdr por. Przybyszewski i kmdr por. Kasperski już na początku 1946 roku zorganizowali w Szkole Specjalistów Morskich tzw. grupę bojową, która miała za zadanie „współdziałać z interwentami imperialistycznymi w wypadku starcia zbrojnego pomiędzy obozem socjalizmu a imperializmu”) razem z kmdr por.