W latach 1520–1521 w czasie wojny polsko-krzyżackiej miasto zostało zniszczone oraz złupione przez wojsko brandenburskie idące z posiłkami z Niemiec dla zakonu krzyżackiego. Brandenburczycy spalili wszystkie wsie należące do klasztoru, obrabowując je przedtem oraz uprowadzając z nich cały inwentarz żywy. Opat bledzewski, aby uratować miasto przed zniszczeniem, musiał zapłacić okup w wysokości 30 złotych reńskich. W 1582 roku w okresie Rzeczypospolitej Obojga Narodów miasto Bledzew położone było w powiecie poznańskim województwa poznańskiego.
W 1507 miejscowość zanotowana została w dokumentach podatkowych. Bledzew płacił 4 floreny węgierskie lub 3 grz. szosu. W 1564 dochodzi do sporu pomiędzy mieszczanami a opactwem, w wyniku którego król polski wyznacza komisarzy do jego rozsądzenia. W imieniu króla przyznali oni rację mieszczanom i nadali im prawo do swobodnego handlu, rzemiosła, warzenia piwa oraz sprzedawania go w okolicy m.in. w Międzyrzeczu. 31 października 1576 przywileje zakonu potwierdził król polski Stefan Batory. W 1578 pod rządami opata Jana IV Bronikowskiego nastąpiło całkowite przeniesienie do Bledzewa zakonników, którzy pozostali w Zemsku.