Czwarty lot, trwający od 16 do 27 kwietnia 1972, odbył w charakterze dowódcy statku kosmicznego Apollo 16. Pilotem modułu dowodzenia był Thomas Mattingly (ten sam, którego tuż przed startem wycofano ze składu załogi Apollo 13), zaś pilotem modułu księżycowego – Charles Duke. Był to piąty lot człowieka na Księżyc. Lądownik księżycowy „Orion” osiadł w pobliżu krateru Descartesa. 20 kwietnia Young stanął na powierzchni Srebrnego Globu. Podczas trzech wyjść Young i Duke poruszali się na powierzchni Księżyca korzystając z pojazdu LRV.
Ponadto Young był wyznaczany do załóg rezerwowych misji Apollo 7, Apollo 13 i Apollo 17. Przed pożarem i tragiczną śmiercią załogi Apollo 1 wchodził także w skład załogi rezerwowej drugiego, planowego lotu statku programu Apollo.
Program promów kosmicznych W dniach 12 – 14 kwietnia 1981 uczestniczył w pierwszym załogowym locie programu wahadłowców kosmicznych (Space Shuttle). Podczas misji oznaczonej jako STS-1 był dowódcą promu Columbia, który pilotował Robert Crippen. Był to piąty lot Younga w kosmos. Stał się wówczas pierwszym astronautą, który brał udział w piątej misji załogowej. Start Columbii odbył się dokładnie w 20. rocznicę lotu Jurija Gagarina. Głównym celem wyprawy było kompleksowe przetestowanie wszystkich systemów wahadłowca w warunkach realnego lotu kosmicznego.