XIX - XX w. W 1839 Kościół unicki w Imperium Rosyjskim (poza ziemią chełmską) został zlikwidowany, a monaster w Supraślu ponownie przeszedł w ręce mnichów prawosławnych. W 1907 mnisi usunęli z unickiego ikonostasu rzeźby jako nieprzystające do prawosławnej sztuki sakralnej. W 1910 biskup białostocki Włodzimierz, będący równocześnie przełożonym monasteru supraskiego, zwrócił się do Komisji Archeologicznej Świątobliwego Synodu Rządzącego z prośbą o zgodę na usunięcie całego ikonostasu. Nie uzyskał jej jednak, a Komisja stwierdziła, że dzieła sztuki sakralnej z widocznymi wpływami zachodnimi znajdują się nawet w cerkwiach w MoskwieW. Załęski, Losy unickiego ikonostasu z bazyliki p.w. Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny w Supraślu [w:] red. R. Dobrowolski, M. Zemło, Śladami unii brzeskiej, Wydawnictwo KUL, Lublin-Supraśl 2010, , s.605-608.
Po I wojnie światowej rzymskokatolicka diecezja wileńska, zakon salezjanów (którzy przejęli zabudowania klasztoru prawosławnego), proboszcz katolickiej parafii w Supraślu oraz służby konserwatorskie z Warszawy podjęli działania na rzecz restauracji kompleksu klasztornego.