Pracami renowacyjnymi przy ikonostasie zainteresował się w 1919 premier Felicjan Sławoj Składkowski, który osobiście przekazał na ten cel 2500 zł (łączny koszt prac oszacowano na 8 tys.).
Zniszczenie ikonostasu Po wkroczeniu wojsk radzieckich do Supraśla w 1939 żołnierze zmusili salezjanów do opuszczenia klasztoru, zmienili główną cerkiew w salę gimnastyczną i warsztat, sukcesywnie zdewastowali wyposażenie świątyni. Ikonostas został ostatecznie zniszczony w 1941, gdy żołnierze porąbali go na opał, podobnie jak ambonę, ołtarze boczne i wstawione w dwudziestoleciu międzywojennym organyW. Załęski, Losy unickiego ikonostasu z bazyliki p.w. Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny w Supraślu [w:] red. R. Dobrowolski, M. Zemło, Śladami unii brzeskiej, Wydawnictwo KUL, Lublin-Supraśl 2010, , s.607-609.
Opis Ikonostas wykonany był z drewna w stylu renesansu gdańskiego. Składał się z trzech rzędów ikon, między którymi umieszczone były ozdobne ornamenty roślinne i niewielkie rzeźbione figury. Pierwotnie cała konstrukcja była złoconaW. Załęski, Losy unickiego ikonostasu z bazyliki p.w. Zwiastowania Najświętszej Maryi Panny w Supraślu [w:] red. R. Dobrowolski, M. Zemło, Śladami unii brzeskiej, Wydawnictwo KUL, Lublin-Supraśl 2010, , s.590-595.