Oprócz konfliktu na tle politycznym na południowo-wschodnich rubieżach kraju toczyła się rebelia Armii Bożego Oporu (LRA). Ta ugandyjska sekta po porażkach w kraju przeniosła swoje oddziały do środkowoafrykańskich dżungli. W marcu 2012 wojska Unii Afrykańskiej rozpoczęły poszukiwania dowódców LRA na terenie Republiki Środkowoafrykańskiej. W związku z tym na terenie tego państwa przebywało również 100 żołnierzy ze Stanów Zjednoczonych.
Jednak z upływem lat sytuacja polityczna w Republice Środkowoafrykańskiej znowu stawała się napięta. W lipcu 2010 doszło do lokalnych walk partyzanckich w Birao. Rebelianci oskarżyli prezydenta, iż nie wywiązał się z postanowień pokojowych. Do nowej, większej fali walk doszło ponownie w listopadzie 2012.
Konflikt za administracji François Bozizé Rebelia z przełomu 2012/2013 Trzy frakcje rebelianckie, które walczyły w poprzedniej odsłonie konfliktu, zawiązały wówczas koalicję pod nazwą Séléka (Przymierze). Sojusz składał się z dwóch głównych ugrupowań rebelianckich: Unia Sił Demokratycznych na rzecz Jedności (UFDR) i Konwencja Patriotów na Rzecz Sprawiedliwości i Pokoju (CPJP) oraz co najmniej trzech mniejszych formacji rebelianckich. Główne grupy podpisały porozumienia pokojowe i przechodziły proces rozbrajania, jednak ponownie podjęli działania ofensywne.