W 1990 roku ukończył kurs trenerski, który rozpoczął jeszcze przed zakończeniem kariery piłkarskiej. W późniejszym czasie pracował jako szkoleniowiec w akademii juniorskiej Cruz Azul, prowadził także drugoligowe rezerwy klubu – Cruz Azul Oaxaca. Przez kilkanaście miesięcy był także trenerem amatorskiego czwartoligowego klubu Frailes Homape, będącego filią Cruz Azul.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Meksyku Flores zadebiutował za kadencji selekcjonera Ignacio Trellesa, 1 sierpnia 1975 w przegranym 2:3 meczu towarzyskim z RFN. W tym samym roku triumfował z drużyną narodową w towarzyskim turnieju Copa Ciudad de México. W 1978 roku został powołany przez szkoleniowca José Antonio Rocę na Mistrzostwa Świata w Argentynie. Tam wystąpił tylko w ostatnim spotkaniu, z Polską (1:3), a jego kadra po zanotowaniu kompletu trzech porażek odpadła z mundialu już w fazie grupowej. Później występował już wyłącznie w sparingach, a swój bilans reprezentacyjny zamknął ostatecznie na dwunastu spotkaniach, w których ani razu nie wpisał się na listę strzelców.