Liczne zwolnienia podatkowe (z wł. franchigie) nadane przez pochodzącego z Francji księcia Filipa I z Tarentu dały osadzie nazwę Franca Villa (z fr. ville), miasta wolnego od ceł i podatków (z wł. città franca). W tamtym okresie powstawało wiele ośrodków o tej samej nazwie (z takich samych powodów). By odróżnić je od innych, miasto zostało nazwane Francavilla d'Otranto, a w końcu Francavilla Fontana, na cześć bizantyjskiej ikony Madonny della Fontana oraz ku pamięci odkrycia, którego dokonał książę-założyciel podczas polowania.
Zabytki i dzieła sztuki Mury Mury obronne otaczające niegdyś miasto, a do dziś zachowane w niewielkiej części, zostały postawione za zgodą Filipa II z Tarentu w 1364 roku przez Filipa Dell'Antoglietta, a następnie rozbudowane przez księcia Tarentu Raimondello del Balzo Orsini. W późniejszym czasie miasto przechodziło pod panowanie kolejno rodów Bonifacio, Serra, Borromeo, następnie rodu Imperiali z Francavilli F., aż pod koniec XVIII wieku Ferdynand I Burbon ogłosił je wolnym miastem oraz częścią Królestwa Obojga Sycylii, pod bezpośrednim zarządem królewskim.