Udział w wojnie domowej Po wyborach do Konstytuanty Żelezniakow znalazł się wśród żołnierzy wyznaczonych do pełnienia warty w miejscu obrad – Pałacu Taurydzkim – a następnie został mianowany dowódcą tej warty. Po klęsce bolszewików w wyborach Lenin postanowił zakończyć okres demokracji i wprowadzić dyktaturę. 6(19) stycznia 1918 roku Żelezniakow otrzymał od jednego z przełożonych dyspozycję Lenina o przerwaniu obrad Konstytuanty. O godzinie 4.20 w nocy wszedł na salę obrad i obwieścił delegatom, żeby „wszyscy obecni opuścili salę posiedzeń, bo warta się zmęczyła”. Słowa „warta się zmęczyła” (ros. karauł ustał) stały się następnie symboliczne.
Wkrótce potem został wysłany na południe kraju, by umacniać władzę radziecką. Został powołany do dowództwa flotylli dunajskiej i komisji do spraw bessarabskich. W marcu 1918 dowodził natomiast oddziałem marynarzy, który walczył na froncie przeciwko wojskom austro-węgierskim. Po zakończeniu walk na południu kraju powrócił do Piotrogrodu, gdzie powierzono mu dowództwo pułku w 14 Armii Woroszyłowa, która toczyła walki przeciw siłom gen. Piotra Krasnowa.