W 1903 roku w stopniu lejtnanta został starszym oficerem broni minowej krążownika „Bajan”, który wszedł w skład rosyjskiej Eskadry Pacyfiku, stacjonującej w Port Artur w Chinach. Na stanowisku tym uczestniczył w walkach wokół Port Artur podczas wojny rosyjsko-japońskiej. Za akcję ratunkową marynarzy z niszczyciela „Strasznyj” pod ostrzałem japońskich krążowników 13 kwietnia 1904 roku (31 marca starego stylu) został odznaczony orderem św. Anny IV klasy z napisem „za męstwo”S. Winogradow, A. Fiedieczkin: Bronienosnyj..., s. 72.. We wrześniu 1904 roku, w związku z remontem „Bajana”, skierowano część załogi na front lądowy wokół twierdzy. Szczególnie odznaczył się w walkach Podgórski, który zaproponował wykorzystywanie morskich miotaczy min do bombardowania japońskich okopów, a 17 (4) września stoczył z góry na japoński okop bombę wykonaną z miny morskiej, wywołując spore zniszczeniaS. Winogradow, A. Fiedieczkin: Bronienosnyj..., s. 80-81.. 22 (9) września Podgórski z dwoma minerami wysadził zdobyty przez Japończyków schron na Górze Wysokiej, co pozwoliło na jej odzyskanie i, według oceny rosyjskiej, odwlekło upadek twierdzy o 2 miesiące. Został za to odznaczony Orderem św. Jerzego IV klasy.