Na początku lat 90. XX wieku metropolita suchumsko-abchaski Dawid bez powodzenia ubiegał się o reaktywację monasteru i uczynienie z niego rezydencji prawosławnych biskupów suchumskich. W okresie tym rozpoczęto jedynie odprawianie nabożeństw pod budynkami soboru św. Pantelejmona i cerkwi św. Szymona. W czasie wojny w Abchazji w latach 1992-1993 w monasterze działał szpital polowy, a zabudowania klasztorne ponownie zostały uszkodzone. W 1993 ihumen Piotr (Pigol) za zgodą władz de facto autonomicznej Abchazji doprowadził do reaktywacji monasteru. Ihumen działał w porozumieniu z klasztorem św. Pantelejmona na Athosie, nie kontaktując się z Gruzińskim Kościołem Prawosławnym, którego jurysdykcja obejmuje Abchazję. Protesty Cerkwi Gruzińskiej doprowadziły do odwołania ihumena z Nowego Atonu, przez co doszło do rozproszenia się zgromadzonej przez niego wspólnoty. W monasterze zamieszkali wówczas mnisi narodowości abchaskiej, zaś nowym przełożonym wspólnoty został hieromnich Andriej (Ampar). Ponownie organizacja klasztoru odbywała się bez zgody patriarchy Gruzji.

15 maja 2011 roku w Nowym Atonie miało miejsce zgromadzenie, podczas którego powołano Świętą Metropolię Abchazji;