W 64 roku p.n.e. do Syrii wkroczyły rzymskie legiony Pompejusza. Syria została przekształcona w prowincję Syrię. Gajusz Juliusz Cezar podczas swego panowania odwiedził Ptolemais. Przez wiele następnych lat wszystkie dokumenty napisane w mieście były datowane od roku wizyty Cezara. Pomimo że za czasów panowania króla Heroda Wielkiego miasto Ptolemais nie znajdowało się w granicach jego państwa, sfinansował on budowę kilku obiektów użyteczności publicznej. Między innymi wybudowano salę gimnastyczną. Gdy po śmierci Heroda Wielkiego w 4 roku p.n.e. wybuchła wojna Warusa, w Ptolemais odbyła się koncentracja rzymskich legionów przed przystąpieniem do pacyfikacji Galilei, Judei i Idumei. W czasach Nowego Testamentu Apostoł Paweł spędził w Ptolemais jeden dzieńZobacz: Dzieje Apostolskie 21,7: „Kończąc naszą żeglugę, przybyliśmy z Tyru do Ptolemaidy i powitawszy braci, pozostaliśmy u nich jeden dzień.” (według tłumaczenia Biblii Tysiąclecia).. W następnych latach Rzymianie utworzyli w mieście kolonię (C. Claudii Cæsaris). Po wybuchu w 66 roku wojny żydowskiej, prokurator Gesjusz Florus przy wsparciu Syryjczyków zorganizował w Ptolemais masakrę Żydów. Następnie Rzymianie wykorzystywali Ptolemais jako bazę zaopatrzeniową dla swoich legionów walczących w Galilei.