W 2007 roku część lokomotyw EU07 przeszła na własność Oddziału Przewozów Międzywojewódzkich spółki PKP Przewozy Regionalne Sp. z o.o. Ulepszone lokomotywy otrzymały oznaczenia EP07 i numery taborowe od 1001 wzwyż. Zmiany polegały na usunięciu gniazd sterowania wielokrotnego. Wraz z wydzieleniem Oddziału Przewozów Międzywojewódzkich ze spółki Przewozy Regionalne, wszystkie lokomotywy przeszły w użytkowanie spółki PKP Intercity. W grudniu 2009 PKP Intercity dysponowało 325 lokomotywami serii EU/EP07.
mały|Zmodernizowana lokomotywa EU07-1601 użytkowana przez PKP Cargo Od 2011 roku zmodernizowano 24 szt. lokomotyw serii EU07 dla PKP Cargo. Lokomotywy te otrzymały nową numerację od 1501 wzwyż. Są to dwa typy: wersja 303Eb zakłada m.in. podniesienie ergonomii pracy maszynisty, czyli zabudowanie klimatyzacji, regulacji oświetlenia i urządzeń łączności z pociągiem. Następuje także modyfikacja pulpitów, zabudowa funkcjonalnych foteli, wycieraczek sterowanych elektrycznie oraz zapewnienie izolacji termicznej i akustycznej kabiny. Zamontowano zmodernizowane silniki trakcyjne oraz nowoczesny prędkościomierz zgodny z ETCS.