doszło do realnego podziału w Kościele Gruzińskim.

Ostateczny rozpad Królestwa Gruzińskiego w XV w. pociągnął za sobą podział struktur cerkiewnych. Katolikosat Abchazji jako struktura całkowicie niezależna od Kościoła Gruzińskiego powstała za sprawą ingerencji patriarchy Antiochii Michała IV w wewnętrzną organizację Kościoła Gruzińskiego. Z poparciem króla Imeretii Bagrata VI patriarcha, bez zgody katolikosa Mcchety mianował biskupa Caiszy Joachima katolikosem Abchazji. Uzyskawszy faktyczną niezależność, katolikos Abchazji zaczął posługiwać się także godnością patriarchy. Katolikosat Abchazji obejmował terytorium Królestwa Imeretii, a następnie państw, które się z niego wyodrębniły: Swanetii, Gurii, Megrelii i Abchazji.

Katolikosat Abchazji został zlikwidowany w 1814, po wcieleniu Królestwa Imeretii i pozostałych księstw zachodniogruzińskich do Imperium Rosyjskiego w I poł. XIX w. Jego struktury wchłonął Rosyjski Kościół Prawosławny. W momencie tym nie istniał już także katolikosat Mcchety, na miejsce którego erygowany został Egzarchat Gruziński Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Ziemie Katolikosatu Abchazji także weszły w jego skład. W 1917, gdy duchowieństwo gruzińskie ponownie utworzyło Patriarchat Gruziński, Katolikosat Abchazji nie został reaktywowany.