Doprowadził także do skazania na śmierć niemal wszystkich działaczy partyjnych, którzy w przeszłości związani byli z partią Hümmət. Azerbejdżańska SRR należała do republik najbardziej dotkniętych kampanią czystek w ramach wielkiego terroru. Skazywanym na śmierć w ramach represji najczęściej zarzucano panturkizm, panislamizm, burżuazyjny nacjonalizm, musawatyzm lub separatyzm. Część wyroków śmierci na znanych działaczy komunistycznych zapadła po pokazowych procesach. Sam Bağırov od 1934 był kandydatem na członka Komitetu Centralnego partii, zaś od 1939 do 1953 - jego członkiem. Od 1937 zasiadał w Radzie Najwyższej ZSRR (deputowany do tej Rady od 1 do 3 kadencji). Wydał pracę Z historii organizacji bolszewickich Baku i Azerbejdżanu, w której fałszywie opisywał rolę Stalina w rozwoju partii komunistycznej na Zakaukaziu. W polityce kulturalnej dążył do zerwania wszelkich związków azersko-perskich i azersko-tureckich, także poprzez cenzurę niezgodnej z taką linią starszej literatury (m.in. eposu Dede Korkut, ludowej epopei w języku starotureckim), głosił natomiast jedność narodów ZSRR, w szczególności przyjaźń azersko-rosyjską.