W 1646 zapisał się na uniwersytet w Orleanie, po roku przeniósł się do kalwińskiej uczelni w Saumur, potem zapisał się na katolicki uniwersytet w Angers. W Paryżu pozostawał w kontaktach z tamtejszym ukrytym środowiskiem socynian. W 1649 zapisał się na uniwersytet w Lejdzie, gdzie odbył rozmowę z Kartezjuszem na temat ruchu Ziemi. Wkrótce też powrócił do Polski. W 1654 został ministrem zboru braci polskich w Czarkowach. W czasie potopu szwedzkiego 25 października 1655 stanął na czele delegacji braci polskich, która udała się do króla Szwecji Karola X Gustawa by zabiegać o przywrócenie braciom polskim ich swobód wyznaniowych. Schronił się w Krakowie pod opieką garnizonu szwedzkiego. Po kapitulacji miasta 1 września 1657 udał się na Pomorze Szwedzkie. Zajął się pisaniem rozpraw teologicznych, które spotkały się z ostrym atakiem luteran. W 1658 jako członek wspólnoty braci polskich został formalnie skazany na banicję mocą decyzji sejmu. Nowego protektora uzyskał w osobie króla Danii Fryderyka III.