Jego praca z lat 1666–1668 pt. Theatrum cometicum... została wydrukowana na przełomie lat 1667–1668 w Amsterdamie. To największe siedemnastowieczne dzieło o kometach, jeszcze obecnie wykorzystywane jako źródło cennych informacji naukowych. Zawiera opisy około 600 komet, wszystkich jakie widziano na niebie od biblijnego potopu do 1665 roku. Jeden z kraterów Księżyca został nazwany, na cześć astronoma, jego nazwiskiem: Lubieniecki.
W latach 1666–1669 zamieszkał z rodziną w Hamburgu, gdzie nieustannie był atakowany przez kler luterański. Był tutaj oficjalnie przedstawicielem króla Polski (od ok. 1668 roku), co biorąc pod uwagę, że był wygnańcem z Rzeczypospolitej było dość dwuznaczne. Swoich synów (m.in. Krzysztofa) i bratanka oddał mu na wychowanie podkomorzy kijowski i współwyznawca Stefan NiemiryczJ. Tazbir, Stanisław Lubieniecki. Przywódca ariańskiej emigracji, Warszawa 1961, s. 222–234..
W 1669 został zmuszony do opuszczenia Hamburga – przeniósł się wówczas do znajdującej się pod panowaniem duńskim Altony. Do Hamburga powrócił na początku 1674 roku. Na skutek oporu luterańskiego duchowieństwa w grudniu 1674 roku rada miejska nakazała mu powrót do miasta. Lubieniecki zwlekał i ostatecznie przeszkodziła mu w tym jego śmierćTazbir, Stanisław Lubieniecki, s.