Sojusz neapolitańsko-mediolański nie został zerwany i cementował go związek Alfonsa z Hipolitą, ponadto planowano nowe małżeństwo w kolejnym pokoleniu: córki książąt Kapui Izabeli z jej mediolańskim kuzynem Janem Galeacjuszem. Utrzymanie związku małżeńskiego Eleonory i Sforzy Marii nie było zatem konieczne. Papież Sykstus IV 17 sierpnia 1472 r. unieważnił małżeństwo książąt Bari z powodu przymusu wywieranego na Eleonorę przez ojca oraz nieskonsumowania związku.
Małżeństwo z księciem Ferrary thumb|left|Medalion przedstawiający Herkulesa I i Eleonorę
W czerwcu 1473 roku Herkules wysłał do Neapolu braci Zygmunta i Alberta w towarzystwie możnych ferraryjskich. 3 lipca Eleonora na czele 50-osobowego orszaku wjechała do Ferrary. Następnego dnia w katedrze ferraryjskiej odbył się ślub książęcej pary. Uroczystości trwały osiem dni.