18 maja 1474 roku Eleonora urodziła Herkulesowi córkę Izabelę, a rok później, 29 czerwca 1475 – Beatrycze. W kolejnych latach urodziła jeszcze czterech synów. Małżeństwo Herkulesa i Eleonory współcześni uważali za wzorowe. Książę uchodził za wiernego małżonka. Raz tylko, gdy żona w 1477 roku wyjechała na kilka miesięcy do Neapolu, odwiedzić rodziców, nawiązał romans z damą dworu, Izabelą Arduino, która w marcu 1478 roku powiła mu syna Giulia. W trzy miesiące później wyszła za mąż za Jacoma Mainente z Ferrary.
Eleonora nadzwyczaj lubiła muzykę, sama grywała na harfie, dużo czytała, kupowała obrazy od najznakomitszych ówczesnych malarzy. W swoich zbiorach miała dzieła Mantegny i Belliniego, a w podręcznej biblioteczce przetłumaczone na włoski Komentarze Cezara, Pliniusza, franciszkańskie Kwiatki św. Franciszka, sporo hiszpańskich powieści, a wśród nich bardzo wówczas popularny romans Il Carcer d'Amore. Księżna z wielką też starannością wychowywała swoje dzieci. Dziewczynki uczyły się łaciny najpierw u Battisty Guarina, syna Guarina z Werony, a następnie u Jacopa Gallina, który tak umiał księżniczkom uprzyjemnić studia, że Izabela, już jako markiza mantuańska, wspominała z przyjemnością czasy, gdy uczyła się gramatyki Chryzolorasa i recytowała z pamięci eklogi Wergiliusza i listy Cycerona.