Śpiewu uczył dziewczynki sławny muzyk, sprowadzony aż z Konstancji, Don Giovanni Martin. Panny uczyły się także gry na klawikordzie, a Izabela nadto na lutni. Nie zaniedbywano też ćwiczeń fizycznych: jazdy konnej i tańca oraz robót ręcznych, wśród których najważniejszy był haft.
W trudnych chwilach Eleonora potrafiła okazać sporo odwagi i przytomności umysłu. W 1476 roku, podczas pobytu Herkulesa w Belriguardo, Mikołaj d’Este spróbował śmiałym atakiem zdobyć Ferrarę. Na łodziach wiozących słomę ukrył 700 zbrojnych i podpłynął Padem pod samo miasto. Zdołał się wedrzeć do środka. Zawołanie Mikołaja „vela” (żagiel) nie znalazło jednak echa wśród ferraryjczyków. Eleonora, która przed upałami schroniła się w Schiffanoi, ledwie zdążyła w koszuli, z maleńkim Alfonsem na ręku i z niewiele starszymi Izabelą i Beatrice schronić się na zamku. Porozumiawszy się z braćmi męża – Zygmuntem, Albertem i Rinaldem – zebrała oddział wojska, który wyparł Mikołaja z miasta, zepchnął na okoliczne bagna i tam go schwytał. Herkules I nakazał go później ściąć.