W 1938 szkołę przeniesiono z Torunia do Bydgoszczy. mały|Podchorążowie starszego rocznika na pokładzie ORP „Iskra” w 1938 W Szkole Podchorążych Marynarki Wojennej wprowadzono na wzór francuski system kursów przeznaczonych dla oficerów: Oficerskie Kursy Taktyczne (OKT) – od 1930, Kurs Oficerów Artylerii Morskiej (KOAM) – od 1932, Kurs Oficerów Sygnałowych (KOS) – 1932, Kurs Oficerski Obserwatorów Lotnictwa Morskiego (KOOLM) – od 1933, Kurs Oficerów Broni Podwodnej (KOBrP) – od 1934, Kurs Oficerów Nawigacyjnych (KON) – od 1934 oraz Wyższy Kurs Taktyczny (WKT) – od 1938. W latach 1928–1939 Wydział Morski ukończyło 173, Wydział Techniczny 23, a Wydział Administracyjny 12 słuchaczy. Kursy odbyło 158 oficerów.
Podczas wojny obronnej Polski w 1939 oficerowie i podchorążowie Szkoły Podchorążych Marynarki Wojennej, którzy przebywali w kraju brali czynny udział w działaniach wojennych, głównie na lądzie. 24 sierpnia 1939 wyokrętowano podchorążych średniego rocznika i wraz z kandydatami odbywającymi szkolenie unitarne na Oksywiu odesłano do Bydgoszczy. W dniu wybuchu wojny komendant otrzymał rozkaz ewakuacji szkoły do Pińska, gdzie 12 września nastąpiło rozwiązanie szkoły. Jednocześnie kmdr Morgenstern mianował kandydatów podchorążymi, a podchorążych średniego rocznika promował na podchorążych starszego rocznika.