Podchorążych starszego rocznika wcielono do formujących się ze spieszonych marynarzy Flotylli Pińskiej batalionów morskich, a wszyscy podchorążowie młodszego rocznika wstąpili do tych pododdziałów na ochotnika.
Na okręty Floty oddelegowano 14 podchorążych starszego rocznika, z których 6 w ramach realizacji planu „Peking” przeszło na niszczycielach do Wielkiej Brytanii. Również do Wielkiej Brytanii przedostało się 3 oficerów i 60 podchorążych, którzy w momencie rozpoczęcia wojny odbywali zagraniczne rejsy szkolne na OORP „Iskra” i „Wilia”, a także niektórzy uczestnicy kampanii wrześniowej.
W latach 1928–1939 Szkołą Podchorążych Marynarki Wojennej dowodzili: kmdr dypl. Stefan Frankowski (19 października 1928 – 13 maja 1929) p.o. kpt. mar. dypl. Jerzy Kłossowski (13 maja 1929 – 23 maja 1929) kmdr por. Karol Korytowski (23 maja 1929 – 4 kwietnia 1933) kmdr por. Tadeusz Morgenstern-Podjazd (4 kwietnia 1933 – 10 października 1937) kmdr por. dypl. Tadeusz Stoklasa (10 października 1937 – 18 sierpnia 1939) kmdr Tadeusz Morgenstern-Podjazd (18 sierpnia 1939 – 19 września 1939).