Najpóźniej 3 lipca banderowska frakcja Organizacji Ukraińskich Nacjonalistów (OUN-B) ustanowiła w Tarnopolu miejską administrację, na czele której stanął Stepan Czumak, oraz ukraińską milicję. Tegoż dnia w mieście odbył się wiec, na którym ukraińscy nacjonaliści ogłosili powstanie sprzymierzonego z Niemcami państwa ukraińskiego i świętowali wyzwolenie spod jarzma "judeobolszewizmu".
Niemcy, poinformowani przez Ukraińców o obecności zwłok na terenie więzienia, nakazali niezwłoczne pochowanie ich na cmentarzu z obawy o wybuch epidemii. Doszło do spotkania wojskowego dowództwa miasta ze służbą medyczną, bądź z ukraińską administracją, dotyczącego ekshumacji, identyfikacji i pogrzebania zwłok na cmentarzu.
Według wspomnień żydowskich świadków 3 lipca w Tarnopolu odbyło się spotkanie Niemców z Ukraińcami, na którym Ukraińcy obarczyli Żydów winą za masakrę więzienną i uzyskali od Niemców zgodę na "odwet" w postaci pogromu. Także Czesław Blicharski twierdził, że Ukraińcy złożyli Niemcom donos na Żydów, jako rzekomo odpowiedzialnych za masakrę. Zdaniem Kaia Struvego spotkanie wspominane przez żydowskich świadków mogło być tym samym spotkaniem, na którym omawiano kwestię ekshumacji i ponownego pochówku ciał.