Jako miejsce egzekucji świadkowie wskazywali także cmentarze żydowskie (stary i nowy). Wilhelm Redlich widział, jak esesmani i milicjanci pędzili wśród bicia w stronę cmentarza grupę Żydów. Tych, którzy nie mogli dalej iść, esesmani rozstrzeliwali. Według Redlicha 4 lipca około 200 Żydów musiało wykopać dół na cmentarzu żydowskim, po czym zostali oni, a także inna grupa Żydów, zabici przez esesmanów.
Dochodziło do podpaleń żydowskich domów i synagog. W jednej z nich spalono grupę Żydów; strzelano do osób próbujących wydostać się z ognia. Wcześniej Żydom nakazano tańczyć na zwojach Tory. Kai Struve przypuszcza, że stało się to w synagodze Reb Jankels Klojs przy ulicy Staroszkolnej. Otto Schorman wspominał, że do wieczora podpalono wszystkie synagogi w Tarnopolu. Podpalanie żydowskich domów potwierdza raport Sonderkommando 4b: "Domy żydowskie [zostały] zniszczone i podpalone przez członków Waffen-SS przy użyciu granatów ręcznych".
Niepohamowanie niemieckich żołnierzy przejawiało się też w przemocy seksualnej. Istnieje kilka przekazów o gwałtach Niemców na żydowskich kobietach, co czyni przypadek Tarnopola wyjątkiem na tle innych pogromów. Anna Terkel twierdziła, że gwałcono masowo, w tym nawet 14-letnie dziewczynki.