W 1776 roku ojciec był dzierżawcą wielu gruntów na Rugii. thumb|Mönchstraße 45 w Stralsundzie Jego matka Friederike Wilhelmine z domu Schumacher (1747-1804) była córką chłopa. Jego wczesne wychowanie oparła na ludowych powiadaniach i historiach biblijnychAntonius Lux (Hrsg.): Große Frauen der Weltgeschichte. 1000 Biographien in Wort und Bild. Porträt Friederike Wilhelmine Arndt. Sebastian Lux Verlag, München 1963, S. 31..
W latach 1787 do 1789 Arndt uczęszczał do gimnazjum w klasztorze św. Katarzyny w Stralsundzie. Ernst Moritz Arndt mieszkał w małym pokoju w budynku mieszczącym się przy ulicy Mönchstraße 45. Obecnie budynek wykorzystywany jest przez i mieści się w nim miejsce pamięci Hermanna Burmeistera.
Od 1788 roku uczęszczał Arndt do Prima (ósma klasa gimnazjum) u rektora Christiana Heinricha Groskurda, a jesienią 1789 roku za wyniki z egzaminów został publicznie pochwalony. Nie widział jednak dalszego sensu nauki w gimnazjum i opuścił Stralsund, udając się do Zemmin. Po interwencji ojca, który dał mu wybór pomiędzy kontynuowaniem nauki a podjęciem pracy w rodzinnym majątku w Löbnitz, Arndt wrócił do rodziców i pozostał tam do Świąt Wielkanocnych w 1791, po czym skończył gimnazjum eksternistycznie.