890, pieśń 652..
Działalność akademicka Arndta nie trwała długo. W następstwie uchwały karlsbadzkiej (Karlsbader Beschlüsse) w ramach tzw. prześladowania demagogów w 1819 zostały skonfiskowane jego papiery z powodu czwartej części Geist der Zeit oraz jego prywatnych wypowiedzi. W listopadzie 1820 zawiesił nauczanie, a w lutym 1821 rozpoczęto postępowanie przeciw niemu. Zakończyło się bez wyniku: żądanie Arndta w sprawie publicznego odwołania oskarżeń nie zostało spełnione, a on także nie został uznany za winnego.
W 1826 roku musiał Arndt zrezygnować z urzędu profesora. Dopiero w 1840 został zrehabilitowany przez Fryderyka Wilhelma IV. Opis owego procesu jest tematem Notgedrungenen Bericht aus meinem Leben, aus und mit Urkunden der demagogischen und antidemagogischen Umtriebe (1847) (Wymuszone okolicznościami sprawozdanie z mojego życia, z i bez dokumentów demagogicznego i antydemagogicznego knowania).
Także w życiu prywatnym musiał walczyć z kłopotami. W 1834 roku utonął w Renie jego młodszy syn Wilibald. Syn Sigerich Arndt z powodu przykrych okoliczności, jakie spotkały ojca wstąpił do (stowarzyszenie studenckie);