Prowadził również swoją drużynę w kilku edycjach najbardziej prestiżowych rozgrywek północnoamerykańskiego kontynentu, Pucharu Mistrzów CONCACAF, jednak nie odniósł w nich większych sukcesów.
W 1989 roku Guerra został selekcjonerem reprezentacji Meksyku, będąc na tym stanowisku następcą Mario Velarde. Kadrę poprowadził jednak tylko w trzech spotkaniach – z Salwadorem (2:0), Gwatemalą (2:1) i Polską (3:1) – po czym, mimo dobrych wyników i zwycięstwa w towarzyskim turnieju Copa Amistad, odszedł z drużyny narodowej wskutek konfliktu z władzami Meksykańskiego Związku Piłki Nożnej. Szybko znalazł jednak nową pracę, tym razem w Club Universidad de Guadalajara, z którym odniósł kolejne sukcesy w karierze trenerskiej; w sezonie 1989/1990 zdobył z nim trzecie już wicemistrzostwo Meksyku, zaś w rozgrywkach 1990/1991 triumfował w Copa México. W 1992 roku został szkoleniowcem kolejnej drużyny z Guadalajary, Tecos UAG, w której bez większych sukcesów pracował przez rok, po czym powrócił do swojego macierzystego Chivas de Guadalajara. Tam pozostawał z kolei przez dwa sezony, lecz mimo dobrych wyników nie zdołał nawiązać do osiągnięć odnoszonych z tym klubem podczas pierwszej kadencji.