W listopadzie 1995 Guerra zastąpił Carlosa Reinoso na stanowisku szkoleniowca klubu Toros Neza z siedzibą w mieście Nezahualcóyotl. Poprowadził go do końca sezonu 1995/1996, w 22 spotkaniach notując dziesięć zwycięstw, siedem remisów i pięć porażek, po czym podpisał umowę ze spadkowiczem z Primera División – drużyną Tigres UANL z Monterrey. Za jego sprawą zespół już po roku powrócił do najwyższej klasy rozgrywkowej, wygrywając zarówno jesienne rozgrywki Invierno 1996, jak i wiosenne Verano 1997, co po zakończeniu sezonu 1996/1997 zaowocowało awansem do pierwszej ligi. Tam notował jednak z Tigres słabe wyniki i został zwolniony z końcem sierpnia 1997. W lutym 1998 został trenerem Club León, gdzie pracował przez kolejne siedem miesięcy, lecz nie odniósł żadnych sukcesów i opuścił stanowisko po serii pięciu meczów bez zwycięstwa. Z początkiem 1999 roku powrócił do Toros Neza, lecz we wrześniu tego samego roku został zwolniony; w 25 spotkaniach jego podopieczni ponieśli aż trzynaście porażek.