Armia portugalska została zdziesiątkowana, a duża część portugalskiej szlachty została wymordowana.

Jako że młody król nie był żonaty i nie pozostawił potomków – jego śmierć zapoczątkowała kryzys dynastyczny i skutkujący ostatecznie wygaśnięciem rodzimej dynastii Aviz. Na tronie przejściowo zasiadł brat jego dziadka, sędziwy kardynał Henryk, który wkrótce zmarł (1580). Wygaśnięcie dynastii doprowadziło do wojny o sukcesję, którą wygrał król Hiszpanii Filip II Habsburg, spokrewniony po kądzieli z władcami Aviz, którego pierwszą żoną byłą Maria Manuela, córka Jana III. Portugalia na 60 lat utraciła niezależność, stając się częścią imperium hiszpańskiego.

Wydatki na wyprawę do Maroka postawiły gospodarkę Portugalii w kryzysie. Wiele ze środków pozyskanych na cel krucjaty były pożyczką, a na dodatek następca Sebastiana musiał opłacić okup wynoszący 5000 cruzados za jednego szlachcica pojmanego w bitwie, co ustanowiło kwotę 400 tysięcy cruzados za 80 jeńców.

Sebastianizm