Król zaczął planować drugą krucjatę przeciwko Maroku od negocjacji z Filipem II – królem Hiszpanii. Władcy spotkali się w 1576 roku w Guadelupe, gdzie omawiali potencjalny sojusz poprzez małżeństwo Sebastiana i córki Filipa – Izabeli Klary Eugenii. Ostatecznie Filip, nie widząc sensu brania udziału Hiszpanii w wojnie, zwlekał ze zgodą na małżeństwo, jednak obiecał wysłać 50 galeasów i 5,000 żołnierzy w ramach pomocy. By uniknąć wojny, wysłannik hiszpański przedstawił propozycję Sebastianowi, która zobowiązywała Hiszpanię do ochrony Maroka przed Imperium Osmańskim oraz subsydiowanie portugalskich cytadel w Afryce. Król odrzucił tę propozycję, a w odwecie Filip II nie wysłał obiecanego wsparcia.
By pozyskać pieniądze na wyprawę, zadeklarował nietykalność majątków żydowskich w zamian za 240 tys. cruzados, uzyskał 150 tys. cruzados od papieża Grzegorza XIII, podniósł podatki na wszystkie nieruchomości oraz zaciągnął pożyczki. Sebastian, obawiając swojej śmierci podczas wyprawy, napisał testament datowany na 13 czerwca 1578.
4 sierpnia 1578 doszło do bitwy pod Alcácer-Quibir, podczas której zginęli zarówno Sebastian I, Maulā Ahmed, jak i główny adwersarz Ahmeda – Abu Marwan Abd al-Malik I.