W większości krajów stosuje się ją przede wszystkim do słodkich wypieków (ciast, zwłaszcza pierników), deserów i słodyczy. Europejczycy chętnie dodają ją do potraw z ziemniaków oraz do przetworzonych produktów mięsnych. W Europie zachodniej przyprawia się nią również mięsa, zupy, sosy serowe (w tym fondue) oraz sos beszamelowy. Dodaje się ją do gorących napojów takich jak grzane wino, grzany cydr, eggnog, kawa mokka, ale też do mrożonej cloud coffee. W kuchni indyjskiej gałka muszkatołowa znana jest jako dżaiphal i używana przede wszystkim do deserów i słodyczy, ale też do potraw warzywnych i mięsnych. Wchodzi w skład niektórych masal, np. Kashmiri masala używanej m.in. do potraw z baraniny (np. Rogan dźosz) i curry z kurczakiem. Znajduje się też w wielu mieszankach przyprawowych do japońskiego curry. W kuchni etiopskiej gałka muszkatołowa jest ważnym składnikiem mieszanki Berbere, używanej do potraw mięsnych, w tym też rybnych. W kuchniach środkowo-wschodnich gałką muszkatołową przyprawia się często dania wytrawne.