W przemyśle spożywczym stosowany bywa olejek (eteryczny) z gałki muszkatołowej, który, w przeciwieństwie do gałki mielonej (lub tartej), nie pozostawia wyczuwalnych cząstek w produktach. Aromatyzuje się nim tytoń. Znajduje on też zastosowanie w produktach farmaceutycznych i perfumiarskich. Masło lub balsam muszkatowy (Ceratium Nusticae) pozyskiwane z gałki jest szeroko stosowane zarówno w przemyśle spożywczym, jak i w kosmetyce i lecznictwie. Wykorzystywane jest też w przemyśle jako smar.
Gałka muszkatołowa uważana jest za afrodyzjak. Poza tym gałka była i bywa wykorzystywana do odurzania się i wywoływania poronień. Odurzano się nią głównie w amerykańskich więzieniach, w Indonezji i Egipcie – objawy w postaci poczucia bezosobowości, niepokoju, rzadko halucynacje i pobudzenie ruchowe następują w kilka godzin po spożyciu dwóch gałek. Gałka muszkatołowa jako środek poronny wykorzystywana była głównie w XIX wieku oraz w USA do lat 50. XX wieku. Wykorzystanie jej w tym celu opisywane jest jako śmiertelnie niebezpieczne, ponieważ dawka poronna zbliżona jest do śmiertelnej.