Po wystąpieniu przed sądem Hashimoto pozostawał pod strażą do początków 1946 roku, kiedy wreszcie odstawiono go do Japonii na pokładzie transportowca USS „Effingham”.
Po wojnie Hashimoto nie wstąpił do utworzonych w 1954 roku Japońskich Sił Samoobrony. Do końca życia był kapłanem shintō w świątyni w Kioto. Udzielił wywiadu Danowi Kurzmanowi, autorowi wydanej w roku 1990 książki Fatal Voyage, w której Kurzman napisał m.in.: „Komandor Hashimoto był zauroczony Amerykanami. Mimo że zamknięty w swej sypialni w czasie procesu, był traktowany raczej jak honorowy gość niż nieprzyjaciel, który posłał na śmierć tylu naszych chłopców”. Hashimoto napisał też książkę o działalności japońskiej floty podwodnej w czasie wojny: Sunk: The Story of the Japanese Submarine Fleet, 1941–1945, w której ze szczegółami opisał działania japońskich okrętów podwodnych, w tym także zatopienie USS „Indianapolis”. W grudniu 1990 roku Hashimoto spotkał się z niektórymi ocalonymi marynarzami „Indianapolis” i powiedział (przez tłumacza): „Przybyłem tu, by modlić się z wami za waszych kolegów, których śmierć spowodowałem”, na co prosto odpowiedział jeden z ocalonych: „Wybaczam ci”.