Po wcieleniu Wilna w granice Litwy Nikołaj Juźwiuk został sekretarzem metropolity wileńskiego i litewskiego Eleuteriusza i starostą parafii przy monasterskiej cerkwi Świętego Ducha w Wilnie. Po śmierci metropolity Eleuteriusza w grudniu 1940, nowy metropolita wileński, egzarcha Krajów Bałtyckich Sergiusz przekonał go do przyjęcia święceń duchownych, by mógł objąć katedrę biskupią. 1 kwietnia 1942 Nikołaj Juźwiuk został wyświęcony na diakona, 4 kwietnia – na kapłana, zaś 12 kwietnia złożył wieczyste śluby mnisze z imieniem Daniel. 26 kwietnia 1942 przyjął chirotonię na biskupa kowieńskiego, wikariusza eparchii wileńskiej i litewskiej, po czym wyjechał do Kowna. W kwietniu 1942 razem z metropolitą Sergiuszem oraz biskupami ryskim Janem i narewskim Pawłem brał udział w zebraniu biskupów prawosławnych krajów bałtyckich, w czasie którego hierarchowie, pod przymusem sytuacji, wyrazili lojalność wobec niemieckich władz okupacyjnych, jak również zaprzestali publicznych modlitw za metropolitę moskiewskiego Sergiusza, chociaż nie ogłosili opuszczenia jego jurysdykcji.