Po zamordowaniu metropolity Sergiusza 23 kwietnia 1944, zgodnie z jego wyrażoną wcześniej wolą, biskup Daniel ogłosił się locum tenens eparchii wileńskiej i litewskiej oraz zastępcą egzarchy Krajów Bałtyckich. Władze niemieckie nie zgodziły się na objęcie przez niego katedry i w lipcu 1944 uwięziły go w obozie Fridrichswalde, przeznaczonego dla kapłanów. W maju 1945 został uwolniony przez wojska amerykańskie. Postanowił nie emigrować na zachód, lecz osiedlił się w Czechosłowacji. W październiku 1945, po spotkaniu z arcybiskupem orłowskim i briańskim Focjuszem, zdecydował się na przyjazd do ZSRR i udał się tam w końcu tego samego roku. Święty Synod Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego mianował go biskupem pińskim i brzeskim. Jeszcze w tym samym roku, po zmianie granic eparchii, jego tytuł uległ zmianie na biskup piński i łuniniecki, zaś w grudniu 1948 – na biskup piński i poleski. Zorganizował w Pińsku kursy przygotowujące do święceń kapłańskich oraz do wykonywania obowiązków psalmisty cerkiewnego.