z Wydziału Nauk Przyrodniczych utworzono Wydział Geograficzny oraz Wydział Chemiczno-Biologiczny.
Nazwy uczelni 21 lipca 1947: Калининградский государственный педагогический институт, skrót КГПИ (Państwowy Kaliningradzki Instytut Pedagogiczny), 16 lipca 1966: Калининградский государственный университет, skrót КГУ (Kaliningradzki Uniwersytet Państwowy), 23 maja 2005: Российский государственный университет имени Иммануила КантаРаспоряжение Правительства Российской Федерации № 630-р от 23 мая 2005 г., skrót РГУ (Rosyjski Uniwersytet Państwowy im. Immanuela Kanta), 30 grudnia 2010: Федеральное государственное автономное образовательное учреждение высшего образования „Балтийский федеральный университет имени Иммануила Канта”Постановление Правительства Российской Федерации № 2483-р от 30 декабря 2010 г., skrót БФУ (Bałtycki Uniwersytet Federalny im. Immanuela Kanta).
Rektorzy Uniwersytetu 1967–1971 Nikołaj Prikładow 1971–1975 1975–1994 1994–1998 1998–2019 2020–2025 (2019–2020 p.o.