rektora) od 2025 Maksim Diomin
Kierownictwo Uniwersytetem zarządzają obecnie (2022) 3 organy kolegialne: Ученый совет (Rada Akademicka) Наблюдательный совет (Rada Nadzorcza) Попечительский совет (Rada Powiernicza) Rektorem uczelni i przewodniczącym Rady Akademickiej jest od 2020 Aleksandr Fiodorow.
Struktura organizacyjna Uniwersytet posiada obecnie (2022) 124 jednostki organizacyjne rozmieszczone w 40 budynkach akademickich (w tym 23 dydaktyczne, 3 ośrodki badawczo-edukacyjne i 13 domów akademickich), m.in. przebudowany po II wojnie światowej gmach główny dawnego Uniwersytetu Albrechta (obecnie budynek nr 3 przy ul. Uniwersyteckiej 2, mieszczący Wydział Systemów Żywych).
Szkoły wyższe Высшая школа физической культуры и спорта (Wyższa Szkoła Kultury Fizycznej i Sportu) Высшая школа философии, истории и социальных наук (Wyższa Szkoła Filozofii, Historii i Nauk Społecznych)