Dzięki znajomości z Kmitą wyrok pozostaje w zawieszeniu aż do obrad Sejmu w Piotrkowie Trybunalskim. Mając poparcie ze strony kilku magnatów oraz mas szlacheckich wyrok został uchylony 17 lutego 1552, a sprawa przekazana do Rzymu. Papież Juliusz III, pod wpływem wydarzeń i nastrojów społeczeństwa w Królestwie Polskim zadecydował się na zwołanie synodu dla rozpatrzenia jego sprawy. W 1561 roku kazus księdza Orzechowskiego był tematem obrad synodu warmińskiego, który zdecydował o przekazaniu sprawy bezpośrednio do rozpatrzenia Piusowi IV. Papież uwolnił Stanisława Orzechowskiego od ciążącego na nim zarzutu herezji, jednak kwestię ważności zawartego małżeństwa poddał pod obrady soboru trydenckiego. Sobór nigdy jednak tego problemu nie rozpatrzył.
Jako ojciec rodziny gospodarzył w rodzinnym majątku w Żurowicach Długich (dziś Żurawiczki k. Przeworska), tu też powstało wiele z jego pism. Wypowiadał się nadal politycznie i działał jako szlachecki aktywista. Był przeciwnikiem haseł głoszonych przez Andrzeja Frycza Modrzewskiego i braci polskich. Po pogodzeniu się z Kościołem katolickim stał się zwolennikiem kontrreformacji. Nie oddalił od siebie Magdaleny Chełmskiej, z którą żył do końca życia oraz doczekał się pięciorga dzieci.