Zmarł kilka miesięcy po żonie w 1566.
Poglądy Związał się ze szlacheckim obozem przeciwników polityki króla Zygmunta II Augusta i z obrońcami przywilejów szlacheckich, sympatyzował z luteranizmem. Był bardzo popularnym pisarzem politycznym, a także oratorem. Napisał dwie mowy antytureckie, nazywane Turcykami. W 1543 roku wygłosił słynną mowę tzw. pierwszą Turcykę, w której nawoływał do krucjaty antytureckiej. Rok później opublikował drugą Turcykę.
Stanisław Orzechowski znany jest głównie z powodu głoszonych przez siebie poglądów w kwestii dyscypliny kościelnej oraz postępowania, które wywołało wiele zamieszania w polskim Kościele rzymskokatolickim w XVI wieku. W 1547 roku w dziele De lege coelibatus Stanisław Orzechowski publicznie sprzeciwił się bezżeństwu księży i postępując zgodnie ze swoimi przekonaniami wyraził chęć ożenku z Anuchną z Brzozowa. Deklarację swoją tłumaczył koniecznością zapewnienia ciągłości swojego rodu.
Jako syn Rusinki dążył do równouprawnienia obrządków wschodniego i zachodniego. Sprzeciwiał się powtórnemu chrzczeniu Rusinów przechodzących na katolicyzm.