Eicke wykazywał się na tym stanowisku nieludzkim stosunkiem do więźniów, a zwłaszcza Żydów. Jako komendant pierwszego hitlerowskiego kacetu Eicke położył podwaliny pod kształt przyszłego systemu obozów koncentracyjnych. To on opracował zbiory podstawowych zasad obozowych – nieludzki regulamin, system kar, kodeks postępowania strażników, zasady administrowania obozem – przyjęte później w innych kacetach. To on zainicjował indoktrynację strażników w duchu nieubłaganej pogardy i nienawiści do więźniów.
Osiągnięcia Eickego obejmują przekształcenie Dachau we wzorcowe w rozumieniu hitlerowców miejsce kary dla przeciwników reżimu, aresztowanych podczas „Nocy długich noży”. Eicke odegrał znaczącą rolę w aresztowaniu bawarskiej czołówki SA, a następnie osobiście, z pomocą swojego adiutanta SS-Sturmbannführera Michaela Lipperta w celi więzienia Stadelheim w Monachium dokonał egzekucji Ernsta Röhma. Cztery dni po tym zabójstwie spotkała go nagroda – awans do stopnia SS-Gruppenführera i stanowisko Inspektora Obozów Koncentracyjnych i Dowódcy Oddziałów Wartowniczych.