Do roku 1939 Eicke przeprowadził reorganizację niemieckich obozów, likwidując wszystkie mniejsze i pozostawiając jedynie Dachau, Sachsenhausen, Buchenwald oraz Ravensbrück. Rozkazał wybudować także pierwszy obóz koncentracyjny w Austrii (Mauthausen w 1938). Ujednolicił organizację wszystkich obozów, określając Dachau jako obóz wzorcowy. Działania te spowodowały, iż cały system obozów koncentracyjnych nabrał dla III Rzeszy ogromnego gospodarczego znaczenia przez bezlitosną eksploatację niewolniczej pracy więźniów. Strażnicy gorliwie przyswoili sobie wprowadzone przez Eickego zasady traktowania więźniów, zmieniając ich obozowe życie w piekło. Po wojnie Rudolf Höss zeznał, iż za zbrodniczy sposób traktowania więźniów w pełni odpowiadał Theodor Eicke. Pod jego rządami śmiertelność w kacetach wzrosła do tego stopnia, że niemieckie Ministerstwo Sprawiedliwości wszczęło oficjalne dochodzenie w tej sprawie.