II wojna światowa We wrześniu 1939 roku, Eicke pełnił funkcję Wyższego Dowódcy SS i Policji na terenach zajętych w Polsce przez 8 i 10 Armię (Wielkopolska, łódzkie). Marsz jego trzech pułków „Trupich Główek” za czołówkami Wehrmachtu znaczyły tysiące ofiar – polskich intelektualistów, arystokratów, księży i Żydów. Oddziały „Trupich Główek” wzięły też udział w masakrze w Bydgoszczy i masowych mordach na Pomorzu.
Hitler w ramach przygotowań do inwazji na zachodnią Europę wydał w październiku 1939 r. zgodę na stworzenie trzech dywizji polowych SS, mających tworzyć rdzeń tzw. Waffen-SS. Jedną z nich stała się złożona z „Trupich Główek” 3 Dywizja SS „Totenkopf”, której zorganizowanie i dowodzenie powierzono Eickemu.
Eicke z niezwykłą energią przystąpił do tworzenia nowej dywizji. Osobiście nadzorował morderczy trening i bezustanną indoktrynację, jakiej poddawano rekrutów, toteż pisze się, że „Totenkopf” była jego osobistym dziełem. Z wielkim zaangażowaniem pracował również nad zaopatrzeniem Dywizji „Totenkopf” w ciężki sprzęt i środki transportu. Wykorzystywał w tym celu swoje rozliczne znajomości i upór, dzięki którym stopniowo uzyskiwał wszystko co potrzebował od niechętnego mu Wehrmachtu lub konkurencyjnych instytucji SS.