Zróżnicowane warunki przekładają się na wielkość dopływu energii słonecznej wahającej się od 5862 do 7536 MJ/m².

Wody thumb|200px|Tsimanampetsotsa Z powodu dużych opadów deszczu, Madagaskar obfituje w wody powierzchniowe, jak rzeki i jeziora. Rzeki płynące na wschód są krótkie i bystre, m.in. Mandrare, Mananara, Faraony i Maningory. Najdłuższą z nich jest Mongoro – 300 km. Po zachodniej stronie wyspy, rzeki są długie i spokojne, m.in. Onilahy, Tsiribihina i Betsiboka. Najdłuższa z nich i zarazem najdłuższa w całym państwie jest Mangoky – 821 km. Liczne wychodnie twardych skał sprawiają, że rzeki tworzą katarakty oraz przełomy. Nie są przez to żeglowne. Rzeki w południowo-zachodniej części wyspy mają charakter okresowy, dotyczy to także najdłuższej z nich – Mandrare.

Na wyspie są jeziora, najwięcej na Płaskowyżu Centralnym, m.in. jezioro tektoniczne Alaotra (pow. 900 km²), oraz Itasy, które jest pochodzenia wulkanicznego. Wzdłuż wschodniego wybrzeża ciągnie się pas jezior przybrzeżnych, które są połączone kanałem Pangalanes. Kanał ten biegnie równolegle do wybrzeża na długości 600 km. W południowo-zachodniej części wyspy znajduje się słone jezioro Tsimanampetsotsa.