Gleby Na Madagaskarze dominują czerwone gleby ferralitowe, co jest powodem nazwania kraju „Wielką Czerwoną Wyspą”. Gleby te są mało żyzne. Lepsze są gleby na wulkanicznym podłożu. Wielki udział ferralitów jest spowodowany klimatem i krystalicznym podłożem. W niektórych rejonach na Płaskowyżu Centralnym występują gleby, które na ogół spotyka się w strefach klimatu umiarkowanego. To odróżnia pokrywę glebową Madagaskaru od kontynentu afrykańskiego. Młoda rzeźba terenu sprzyja erozji, która odsłania starsze pokrywy glebowe, oraz skały macierzyste. Jest to poważną przeszkodą dla rolnictwa.
Flora i fauna thumb|200px|Baobaby thumb|200px|Pielgrzan madagaskarski – „drzewo podróżników” thumb|200px|Lemuria rdzawa thumb|200px|Sifaka biała Wczesne oddzielenie się Madagaskaru od Afryki w czasie rozpadu Gondwany spowodowało wykształcenie się swoistej flory i fauny. Występuje tu wiele gatunków endemicznych i reliktowych – ok. 90% gatunków flory i fauny to endemity.
Flora Szata roślinna wyspy jest nieco inna niż spotykana na stałym lądzie Afryki. Ponad 80% gatunków roślin naczyniowych to endemity. Wczesne oddzielenie się Madagaskaru od Afryki spowodowało odmienny tor ewolucji roślinności. Rośnie tu m.in. ponad 1000 gatunków orchidei.