Nicholl sugeruje również, że obraz faktycznie mógł trafić do Maksymiliana I, czego dowodem może być obecność Ambrogia de Predis na dworze cesarskim w Innsbrucku, oraz że obraz trafił do Francji po 1528 roku, gdy Eleonora Austriacka wyszła za Franciszka I Walezjusza. Pierwszy obraz nigdy nie trafił do kościoła.
Prawdopodobnie w wyniku konfliktu w latach 1493–1495 i 1503–1508 (lub 1506–1508) powstała druga wersja obrazu, która ozdobiła kaplicę kościoła San Francesco Grande. Druga wersja została prawdopodobnie wspólnie namalowana przez Leonarda i braci de Predis. Według innej hipotezy w pracach nad drugim obrazem mogli uczestniczyć także inni uczniowie Leonarda. Zdaniem Isaacsona dowodem na to, że Leonardo dopuścił do pracy innych artystów są niedokładnie namalowane rośliny. W 1506 roku Leonardo spierał się z Bractwem o ostatnią ratę honorarium. Obraz znajdował się tam przez cały XVI wiek.
Motyw spotkania małego Jezusa ze św. Janem rzadko pojawia się w sztuce. Historia ta jest znana wyłącznie z ewangelii apokryficznych oraz średniowiecznych opowieści religijnych. Do spotkania miało dojść przypadkowo w Egipcie. Prawdopodobnie Leonardo wykorzystał motyw z apokryfów podczas malowania obrazu.
Kontrakt z 1483 roku został odnaleziony na przełomie XIX i XX wieku.