W przeciwieństwie do poprzedniej gry umieszczonej w tym samym uniwersum, strategii czasu rzeczywistego, StarCraft: Ghost miał być grą z perspektywy trzeciej osoby, co miało umożliwić graczom bliższe i bardziej osobiste spojrzenie na świat StarCraft. Główną bohaterką gry miała być Nova, terrańska agentka szkolona do zadań specjalnych w jednostce składającej się z ludzi obdarzonych mocami psionicznymi, zwanych duchami ( – stąd podtytuł gry). Akcja gry miała być osadzona cztery lata po zakończeniu fabuły StarCraft: Brood War i miała opowiadać o tajemniczym projekcie wojskowym, przeprowadzanym przez przełożonych Novy w Dominium Terran.
Fabuła Tło Akcja StarCraft: Ghost miała rozgrywać się w odległej części galaktyki zwanej Sektorem Koprulu. Wygnańcy z Ziemi znajdują się pod rządami totalitarnego imperium zwanego Dominium Terran, które aktywnie zwalcza kilka mniejszych grup rebeliantów. Rasa obcych, insektoidalne zergi, rozpoczynają inwazję na planety kontrolowane przez Ziemian. Z kolei protosi, enigmatyczna rasa z potężnymi mocami psionicznymi, podejmuje próbę wyeliminowania zergów. Ghost miał mieć miejsce cztery lata po zakończeniu StarCraft: Brood War, w którym zergi stały się dominującą siłą w sektorze, pozostawiając siły protosów i Dominium Terran w rozsypce.