Pierwsze zwycięstwo turniejowe odniosła w 1988 w Adelajdzie. W kolejnych latach wygrywała regularnie przynajmniej jeden turniej rocznie (poza 1992), dzięki czemu rychło znalazła miejsce w ścisłej czołówce światowej. W 1989 była po raz pierwszy w ćwierćfinale turnieju wielkoszlemowego (French Open), rok później w półfinale (również w Paryżu). W Australian Open 1991 awansowała do finału, ale przegrała w trzech setach z młodą Moniką Seles.
Na kolejny wielkoszlemowy finał czekała dwa lata; w 1993 pokonała na Wimbledonie w półfinale Martinę Navrátilovą i w finale przyszło jej zmierzyć się z Niemką Steffi Graf. Mecz finałowy przeszedł do historii ze względu na niezwykły przebieg. Novotná przegrała pierwszego seta w tie-breaku, ale od początku drugiej partii zaczęła zdecydowanie dominować. Drugi set zakończył się jej szybkim zwycięstwem 6:1, także decydującego seta rozpoczęła z animuszem. Dramat Czeszki rozpoczął się przy stanie 4:1 i 40:30, kiedy teoretycznie dzieliło ją od końcowego sukcesu pięć wygranych punktów – dwukrotnie zepsuła serwis, który dawał jej prowadzenie 5:1, a następnie nie wykorzystała łatwego woleja, uderzając w aut. Czeszka tak przejęła się niepowodzeniem, że nie potrafiła wygrać najprostszych piłek.