Wreszcie w 1998 Jana Novotná doczekała się swojego zwycięstwa w wielkoszlemowym turnieju w grze pojedynczej. Zrewanżowała się Martinie Hingis w półfinale i wykorzystała swoją szansę, będąc faworytką w decydującym meczu z Tauziat; wygrała w stosunku 6:4, 7:6. Wyniki te (także wygrany turniej Masters w 1997) dały Novotnej awans niemal na szczyt rankingu światowego; rok 1997 zakończyła jako wiceliderka, a w 1998 była o krok od awansu na pierwsze miejsce; zabrakło jej dwóch wygranych pojedynków – awansowałaby w przypadku zwycięstwa na US Open, ale przegrała tam w półfinale. Wraz z końcem kolejnego sezonu (1999) ogłosiła zakończenie kariery sportowej, kilka miesięcy po Niemce Steffi Graf.
Jej sukcesy w grze pojedynczej były dużo bardziej spektakularne, ale przede wszystkim była wybitną deblistką. W deblowym turnieju Masters wystąpiła jedenaście razy, w tym w latach 1989-1998 dziesięć razy z rzędu;